Masnedøfort er det eneste synlige danske eksempel på et stormfrit enhedsfort konstrueret som en ligebenet trekant, der består af fortlegemet med fortkærnen. Fortet er indrettet til såvel infanteri som artilleri efter principper, der er udviklet før år 1900 af blandt andre den belgiske general H.A. Brialmont.
Fortet er omgivet af ca. 10 meter brede, tørre grave, hvoraf de to facegrave kunne beskydes fra en saillantkaponiere, der var placeret i forttrekantens toppunkt. Denne dobbeltkaponiere indeholdt skytsrum samt opholdsrum, og den står i forbindelse med fortkærnen gennem en nedgravet, underjordisk poterne.
I denne poternes gulv viser et antal jerndæksler, at fortets hovedkloakledning ligger under poternen, og er ført ud til strandkanten.
Midt i 120 mm kanonbatteriet mod vest ses endnu en træbeklædt udkigsplatform under det karakteristiske spidstag med tagpap. Udkigsplatformen stod via en indre trappe i forbindelse med den underliggende kommandostation og ildledelsescentral.
Umiddelbart øst for 120 mm kanonbatteriet og i forlængelse heraf ligger marinens udkigspost, også kaldet kikkertstationen. Herfra holdtes der øje med de udlagte minefelter.
På fortdækket var der etableret fodfolksbanket og brystværn med front mod nord og øst, det vil sige mod land.
Strubegraven, som er 8 - 10 meter dyb, langs fortlegements bagside kunne beskydes fra strubekaponieren, som er bygget ud fra struben, og som omgiver hovedporten.
I fortlegemets bagside, der er ca. 150 m lang, findes fortkærnen, der består af en betonstøbt, skudsikker og delvis toetagers kasematbygning.
Facademuren mod strubegraven har oprindelig været rosafarvet med hvidkalkede gesimser under taget og omkring muråbninger (se den oprindelige farve under Billeder - Detalje fra struben). Luger og døre af stål har oprindeligt været malet blå, senere grønne.
Den menige besætning var indkvarteret i kasematens nordvestlige lave del. Mandskabets hængekøjer af sejldug var surret på solide bjælkekonstuktioner. Menige havde ikke egen køje, da der jo hele tiden var nogen på vagt, og derfor kunne skiftes til at benytte køjen.
På første sal i den nordøstlige del var chefen, officererne, lægen og telegrafisten indkvarteret fortrinsvis på eneværelser. På officersgangen var tillige officerskøkken og -messe samt baderum med varmt vand og toilet med træk og slip.
I kasematbygningens øverste etage for enden af gangen var tillige den kraftigste del af skytset, nemlig 15 cm batteriet, placeret.
Kasematbygningen indeholdt også ammunitionsrum, mandskabskøkken, samlingsstue (der også fungerede som messe), elværk og akkumulatorrum.
Endelig var der i fortet en indbygget søminestation, som var kontrolstation for kontrollerede minespærringer, der i en krigssituation skulle udlægges i de omkringliggende farvande.
Formentlig til besætningens store fornøjelse var der på stranden ud for saillantkaponieren et badehus med tilhørende badebro. Badehuset var indrettet med tre rum: et for officerer, et for underofficerer og et for menige. Det sidste uden bænke.