Bestykningen af Masnedøfort bestod af følgende:
2 stk. 15 cm stålkanoner M/1888
4 stk. 120 mm hurtigskydende stålkanoner M/1912
2 stk. 120 mm hurtigskydende stålhaubitzer M/1914
4 stk. 37 mm revolverkanoner M/1880
12 stk. 8 mm rekylgeværer M/1903
1 stk. 150 cm og 2 stk. 90 cm projektører i elevatorer med hånddrevet hejseværk
1 stk. 125 mm invertafstandsmåler samt
2 stk. depresionafstandsmålere
De 2 stk. 15 cm kanoner var opstillet i fortets venstre face i en skytskasemat, som er en del af fortlegemet. Hver kanon havde sit skydeskår og et skudfelt på 45 grader med skudretning ØST over Storstrømmen mod Sortsø Gab ved Bogø.
Disse to kanoner var hentet fra krydser-korvetten "Valkyrien", der omarmeredes i 1914/15.
Kanonerne blev nedtaget i 1937, fordi den nyopførte Storstrømsbro og jernbanedæmning spærrede skudfeltet for disse to.
De 4 stk. 120 mm kanoner var placeret på fortets højre face som skjolddækkede piecer og skød med hovedskudsretning VEST over brystværn. Skudfeltet var 140 grader. Disse piecer var konstrueret af oberstløjtnant N.E. Lomholt og fremstillet på Hærens Tøjhus.
De 2 stk. 120 mm haubitzere i hver sit drejelige pansertårn på fortdækket kunne skyde i alle retninger og derved beherske både den sjællandske og den falsterske kyst. Disse piecer var ligeledes konstrueret af oberstløjtnant N. E. Lomholt og fremstillet på Hærens Tøjhus.
De 4 stk. 37 mm kanoner og 6 af rekylgeværerne var beregnet på nærforsvaret og gravflankeringen med placering i de to kaponierer, mens de sidste 6 rekylgeværer skulle anbringes parvis i drejelige panserskjolde i tre betonstillinger på fortdækket og var ligeledes beregnet til nærforsvar.
I midten af 1930'erne anlagdes 3 betonstøbte kanonbriske med henblik på opstilling af 3 stk. 57 mm antiluftskytskanoner. På det tidspunkt var udviklingen reelt løbet fra de kompakte forter, og kanonerne blev derfor aldrig opstillet.
Som supplement kan det nævnes, at de 4 stk. 120 mm stålkanoner under besættelsen i december 1940 blev fjernet af tyskerne og opstillet i et marinebatteri (Batteri Raule) ved Agger Tange på Jyllands vestkyst til erstatning for 4 stk. 17 cm tyske skibskanoner af ældre årgang.
De danske kanoner var imidlertid ikke moderne nok, og deres rækkevidde på ca. 10 km var for kort, så i marts 1944 var de blevet erstattet af fire 127 mm moderne, tyske skibskanoner med en rækkevidde på ca. 17,4 km.