Ved befrielsen lørdag, den 5. maj 1945 ville den tyske kommandant ikke umiddelbart give slip på de to broer samt Masnedøfort. Først så sent som den 8. maj 1945 om eftermiddagen kunne premierløjtnant, senere oberst, Chr. E. Nielsen på modstandsbevægelsens vegne modtage tyskernes endelige kapitulation. Den formelle overdragelse skete på den nu nedrevne "Restaurant Storstrømmen".
Fortet og omkringliggende arealer blev herefter anvendt til opsamlingssted for tysk krigsmateriel indtil august 1945 og derefter til søobservation samt straffe- og isolationslejr for kriminelle flygtninge indtil 1947.
Fra 1945 til 1951 sorterede fortet under Sjællandske Marinedistrikt.
I 1948 blev fortet delvist ombygget til at fungere som minedepot og -værksted. I 1952 officielt derangeret til Minedepot Masnedø.
Efter nedlæggelsen endte fortets ene maskine i 1949 som elektricitetsværk på Christiansø. Det var en Alfa Diesel på 50 hk, der havde drevet en 78V jævnstrømsdynamo. Så sent som op i nittenhundredehalvfjerdserne var den stadig i brug, men blev derefter skrottet.
Fortet udtrådte endeligt af det militære beredskab i 1973 ved nedlæggelsen af minedepotet.
Efter minedepotets flytning blev fortet i 1974 overdraget til Vordingborg Kommune, der i 1988 solgte fortet til elselskabet SEAS. SEAS havde da planer om at bygge et antal kæmpevindmøller på fortet og fortets område.
Inden da, i 1976 - 77, havde Vordingborg Kommune udlejet det tidligere sømineværksted til Hjemmeværnskompagni 8101 - Vordingborg, der for egne midler og ved egen arbejdskraft ombyggede, renoverede og forbedrede bygningen til en moderne hjemmeværnsgård.
Ombygningen startede i januar 1977 og indvielsen af Masnedø Hjemmeværnsgård fandt sted den 17. juni 1977.
Bygningen anvendes stadig som hjemmeværnsgård men nu for Marinehjemmeværnsflotille 256 - Storstrømmen.
Den 1. juli 1994 tilbagekøbte Vordingborg Kommune fortet for 1 kr., og sikrede derved at området til stadighed er tilgængeligt for alle interesserede.
Ved brev af 22. december 1995 fra Skov- og Naturstyrelsen til Vordingborg Kommune er fortet nu fredet som nationalt fortidsminde på lige fod med Gåsetårnet og ruinerne af Vordingborg Slot.
I nogle år sidst i 1990'erne blev store dele af den ydre betonskal fornyet som beskæftigelsesprojekt. Fornyelsen skulle sikre, at fortets indre kunne holdes nogenlunde fri for indtrængende vand.
Siden 1997 har dele af fortet hver sommer dannet rammen om kunstudstillinger, arrangeret i samarbejde mellem Billedkunstnernes Forbund og Vordingborg Kommune. Udstillingerne har været besøgt af ca. 6.000 gæster hvert år.
Endvidere har der hvert andet år i en årrække været arrangeret "garagerock" af spillestedet "Stars" i Vordingborg m.fl.